Klony japońskie karłowate mają zazwyczaj płytki system korzeniowy. Korzenie większości odmian karłowatych osiągają jedynie głębokość około 12–24 cali, chociaż mogą rozprzestrzeniać się na szerokość do 2–3 razy większą od ich wysokości. Dzięki temu doskonale nadają się do uprawy w pojemnikach lub sadzenia w małych przestrzeniach ogrodowych.